鎌倉時代中ごろの創建とされ、仏源禅師の開山と伝えられている臨済宗の寺院です。
三春入封にしたがい現在地に建てられました。寺名は初代藩主秋田俊季の父実季（さねすえ）の法名に由来しています。
本堂向って左側の高台に秋田家墓所があり、歴代藩主10人をはじめ一族の墓が残されています。
また、本尊木造釈迦如来座像をはじめ、数多くの指定文化財が残されています。

高乾院の開山地は宍戸（茨城県笠間市）で秋田氏が宍戸藩に移封の際、菩提寺と定められました。正保2年（1645）2代藩主秋田俊季が三春藩に移封になると住職は俊季に随行し新たに開山しています。現在の高乾院本堂は大正9年に取り壊され、しばらく仮堂のままだったものを平成14年に再建しました。

高乾院に葬られた最初の人物は秋田俊季ですが、その母の名を「円光院」といい、彼女の血縁には日本の歴史上有名な人物がたくさんいます。円光院の母は、織田信長の妹でお犬の方と呼ばれた人物であり、一方、円光院の父は細川昭元という人物で、室町幕府の菅領（将軍の次に位置する重要な役職）を務めていた、細川家の直系にあたりました。俊季は母方の血縁を通じ、豊臣秀吉の息子秀頼、江戸幕府3代将軍徳川家光のいずれとも、又従兄弟の関係になりました。